
Het verhaal van The Thousand-Year Door begint wanneer de broers Mario en Luigi een kaart van Princess Peach ontvangen, waarin ze vertelt dat ze een geheime schatkaart heeft ontdekt. Ze nodigt Mario en Luigi uit om langs te komen, zodat ze samen op zoek kunnen gaan naar de schat. Eenmaal aangekomen, blijkt Princess Peach verdwenen te zijn. Nu is het aan Mario en Luigi om niet alleen de schat te vinden, maar ook om Princess Peach te redden. Hiervoor moeten ze het mysterie van de duizendjarige deur ontrafelen en kristallen sterren verzamelen. Wat volgt is een avontuur met veel humor, puzzels en turn-based gevechten.